Il Seminario Vescovile di Caltagirone fu istituito nel 1821 dal primo vescovo di Caltagirone, mons. Gaetano Maria Trigona (1819-1833), e vide avviare ufficialmente l’attività didattica nell’anno scolastico 1822-1823. Primo rettore fu don Francesco Campoccia.
La prima sede del Seminario fu palazzo Aprile, ubicato presso il quartiere di S. Maria del Monte, provvisoriamente adattato allo scopo insieme al Vescovado.
Le vicende del Risorgimento e dell’unificazione italiana, a causa della dispersione degli alunni e dei docenti, misero a dura prova la sopravvivenza del giovane Seminario.
Una prolungata vacanza della diocesi, fra il 1867 e il 1872, e una successiva controversia giudiziaria fra il vescovo e il comune di Caltagirone, relativa all’attribuzione di una sede stabile per il Seminario, ne determinarono di fatto la chiusura. In un primo momento, durante l’episcopato di mons. Antonino Morana (1872-1879), gli alunni si ridussero a studiare nella stessa casa del vescovo, o presso qualche sacerdote. Successivamente, sotto il vescovo mons. Giovanni Battista Bongiorno (1879-1885), i giovani aspiranti al sacerdozio furono costretti a studiare presso i Seminari delle diocesi vicine.
La vertenza giudiziaria fra il vescovo e il comune di Caltagirone fu composta nel 1885, quando era amministratore apostolico mons. Giuseppe Benedetto Dusmet, arcivescovo di Catania (beatificato da Giovanni Paolo II nel 1988), e il Seminario, insieme al Vescovado, ricevette una nuova e più adeguata sede nel monumentale palazzo Reburdone, dove il nuovo vescovo, mons. Saverio Gerbino (1887-1898), poté finalmente riorganizzare l’attività formativa del futuro clero calatino.
La direzione del Seminario fu affidata al gesuita p. Girolamo D’Andrea, quindi a don Giuseppe Zimone, e a mons. Mario Sturzo. Questi, nel 1903, divenne vescovo di Piazza Armerina.
Nel 1905, il vescovo mons. Damaso Pio De Bono affidò il Seminario alla responsabilità dei pp. Lazzaristi della Congregazione della Missione, esuli dalla Francia perché vessati da un governo anticlericale. Grazie all’impulso dato dal rettore, p. Joseph Durand, il Seminario vide crescere il numero dei suoi alunni e migliorare la qualità della formazione culturale e spirituale.
Nel 1911, grazie agli incisivi ausili del pro-sindaco don Luigi Sturzo, il comune di Caltagirone concesse in uso perpetuo (commutato in diritto di proprietà nel 1968), al Seminario e al Vescovado, il complesso dei Frati Minori Conventuali annesso alla chiesa di S. Francesco d’Assisi (o dell’Immacolata).
Durante gli anni della Prima Guerra Mondiale (1914-1918), il Seminario vide cessare la sua attività scolastica, sia per la partenza dei padri della Missione, che per l’arruolamento dei giovani seminaristi nei reparti della sanità militare.
Concluso il conflitto bellico, a partire dall’anno scolastico 1920-1921, il Seminario riaprì i battenti. La sua direzione fu affidata a don Giacomo Sagone, e dal 1923 a don Giuseppe Montemagno.
Nel 1925, essendo vacante la sede vescovile, l’amministratore apostolico mons. Giacomo Carabelli, arcivescovo di Siracusa, affidò la direzione del Seminario a don Francesco Mallìa, del clero siracusano. Questi, nel 1927, fu sostituito da don Carlo Bargiggia, fratello del nuovo vescovo, mons. Giovanni Bargiggia (1927-1937), originario del milanese.
Grazie all’impegno del rettore Bargiggia, il Seminario visse una stagione di grande floridezza. Nel 1933 fu inaugurata la nuova cappella, in stile neogotico, e furono disposti nuovi locali per l’accoglienza degli alunni.
Con il trasferimento di mons. Giovanni Bargiggia alla sede vescovile di Vigevano (1937), anche il fratello don Carlo dovette lasciare Caltagirone, fra le lacrime dei seminaristi e della diocesi tutta, che aveva visto fiorire una nuova primavera di vita sacerdotale e pastorale.
Nel 1938 il nuovo vescovo, mons. Pietro Capizzi (1937-1960), chiamò a dirigere il Seminario don Michele Grosso, già vicerettore-economo di don Carlo Bargiggia. A don Michele Grosso, nominato parroco della Chiesa Madre di Grammichele, succedette mons. Giuseppe Nicotra, che diresse il Seminario dal 1955 agli inizi degli anni ’70, quando in seguito alla crisi delle vocazioni seguita al Concilio Vaticano II, e al movimento della contestazione del ’68, il Seminario chiuse nuovamente i battenti.
Quale risposta all’ansia di avvenire del rettore mons. Giuseppe Nicotra, tra la fine degli anni ’50 e gli inizi degli anni ’60, era stato realizzato, in contrada San Bartolomeo, nella tenuta della famiglia Sturzo, il Seminario estivo, che finì per sostituire, di fatto, il vecchio Seminario di città, offrendo migliori condizioni di ospitalità per gli alunni. Per questa ragione Villa San Bartolomeo è oggi la sede effettiva del Seminario di Caltagirone.
Nel corso degli anni ’70 e fino ai primi anni ’80, durante l’episcopato di mons. Carmelo Canzonieri (1963-1983), i pochi alunni di filosofia e teologia furono ospitati dapprima presso il Seminario di Napoli, quindi, sia in maniera stabile che saltuaria, presso i Seminari di Acireale e di Catania. La responsabilità della formazione dei seminaristi, nel corso di quei difficili anni, fu affidata a mons. Umberto Pedi.
Grazie all’impulso dato dal nuovo vescovo, mons. Vittorio Mondello (1983-1990), nell’anno scolastico 1985-1986, furono riavviate le attività formative del Seminario, sotto la direzione di don Michele Pennisi, il quale, coadiuvato dal direttore spirituale, mons. Umberto Pedi, già rettore, dette nuovo slancio alla pastorale vocazionale e alla formazione dei futuri sacerdoti della diocesi calatina.
Nel 1989, mons. Mondello, d’intesa col rettore Pennisi, per rispondere alle mutate esigenze dei tempi, decise di trasferire la festa di Maria SS. Bambina, Patrona del Seminario, dall’8 settembre al 21 novembre. Contestualmente, fu fatta realizzare dal pittore russo Vadim Lakomsky un’icona della Presentazione al tempio della Beata Vergine Maria, che, posta nella cappella del Seminario, è diventata l’immagine ufficiale della Santa Patrona, oggi tanto cara alle nuove generazioni di preti calatini. Don Michele Pennisi, dopo essere stato chiamato da papa Giovanni Paolo II a dirigere il prestigioso Almo Collegio Capranica di Roma (1997-2002), è stato nominato nel 2002 vescovo di Piazza Armerina.
Dal 1992 al 2005, durante l’episcopato di mons. Vincenzo Manzella (1991-2009), la direzione del Seminario è stata affidata a don Vito Valenti, vicario generale della diocesi. A don Vito Valenti si deve la realizzazione di una nuova cappella, più piccola e più adatta alle esigenze della comunità, oggi cuore pulsante del Seminario. Don Valenti ha dato inoltre nuovo incremento all’Opera delle Vocazioni Ecclesiastiche (fondata nel 1887 da mons. Gerbino), e alla Pagina del Seminario, periodico d’informazione del Seminario.
Dal 2005 al 2011 la formazione dei seminaristi è stata affidata al rettore don Giuseppe Federico, già per lungo tempo direttore spirituale del Seminario, e a don Carlos Ferrara, in qualità di padre spirituale.
L’1 settembre 2011, mons. Calogero Peri, Vescovo di Caltagirone dal 2010, affida la responsabilità del Seminario all’équipe educativa formata da don Matteo Malgioglio in qualità di rettore, vicerettore don Francesco Di Stefano, direttore spirituale don Gianni Zavattieri.
Dal 2012 al 2013, l’equipe educativa è stata formata dal rettore mons. Umberto Pedi, dal vicerettore don Giovanni Dimartino e dal direttore spirituale don Gianni Zavattieri.
Nel mese di settembre 2014 la Comunità del Seminario si trasferisce a Catania presso la struttura dell’Opera Salesiana Sacro Cuore di Via del Bosco 71, quartiere Barriera, e la formazione dei seminaristi viene affidata al rettore don Giovanni Dimartino e al direttore spirituale mons. Umberto Pedi.
Da settembre 2016 ritorna in qualità di rettore del Seminario don Giuseppe Federico, mentre la direzione spirituale rimane affidata a mons. Umberto Pedi. All’inizio dell’anno seminaristico 2018-2019, vengono nominati vicerettore don Jonathan Astuto (già economo) e direttore spirituale don Franco Minolfo.
Dall’estate 2021 è nominato rettore del Seminario don Salvo Luca. Dal 2023 mons. Michele Pennisi ricopre il ruolo di direttore spirituale, e don Carmelo Finocchiaro economo del Seminario.